实行学术委员会监督指导下的主任负责制，各研究室实行主管人员责任制，主管人员的工作应向重点实验室的正、副主任负责。
学术委员会是重点实验室业务管理方面的最高学术权威组织，其组成由肿瘤病理研究方面的国际、国内及校内三方面的学术权威组成。主要作用是确定实验室研究方向、研究课题可行性、科研成果进行鉴定和评定、指导学术活动等。
本实验室现拥有4个现代化研究室，即分子病理研究室、形态定量研究室、细胞生物研究室、临床病理与基因诊断研究室，配套有免疫组化室、信息室、裸鼠室、大型切片室、电镜室和医学影像室等。拥有大批先进的实验设备，包括电子显微镜、高速冷冻离心机、CO2培养箱、凝胶扫描系统、DNA测序/差异显示系统、PCR及原位PCR仪、酶标仪、纯水系统、多媒体图象分析系统等。