生物工程系学科建设发展迅速，现为生物学一级学科硕士学位授权点和在职人员工程硕士学位授权点，并有农学二级学科硕士学位授权点2个。目前已招生的二级学位点有：细胞生物学、植物学、生态学、动物学、微生物学、遗传学、生物化学及分子生物学、植物遗传育种、经济动物和生物工程硕士点。在校全日制研究生120人，工程硕士20余人。

植物学 专业领域代码： 071001

01、植物化学与分子生物学 详细的研究方向和学科梯队 02、植物生理与植物营养 03、植物系统分类学

动物学 专业领域代码：071002

01、动物生物技术 详细的研究方向和学科梯队 02、动物生态和保护生物学

微生物学 学科专业代码 071005

01、应用微生物学与微生物生物技术 详细的研究方向和学科梯队 02、微生物代谢与分子微生物学

遗传学 学科代码：071007

01、统计遗传与基因组生物信息 详细的研究方向和学科梯队 02、植物基因工程 03、植物细胞工程

细胞生物学 学科专业代码: 071009

01、肿瘤标志物与基因工程 详细的研究方向和学科梯队 02、细胞工程 03、病原分子生物学

生物化学与分子生物学 学科专业代码：071010

01、生物化学与生物工程药物 详细的研究方向和学科梯队 02、分子生物学与基因工程

生态学 学科专业代码：071012

01、区域发展与生态安全方向 详细的研究方向和学科梯队 02、生态毒理学方向

作物遗传育种 学科专业代码：090102

01、植物基因工程与遗传育种 详细的研究方向和学科梯队 02、植物细胞工程与遗传改良 03、植物杂种优势利用

特种经济动物学 学科专业代码：090504

01、特种经济动物资源保护与利用 详细的研究方向和学科梯队 02、实验动物遗传学及基因工程