从 2004 年 8 月 27 日起 ，按照学校党政关于医科学生实行院系管理的实施意见，我院开始负责临床医学五年制、七年制、麻醉与影像、医学检验等专业前两年半的本科学生管理工作，同时也承担了研究生、远程教育与成人教育临床医学等有关专业学生的管理工作。目前有本科学生 1600 人，博士生60余人，硕士生 210余人，远程教育和成人教育学生 3000 余人。
    在学院党政统一领导下，一名副书记具体负责学生的管理和教育工作、一名副院长参与管理。本科学生实行辅导员负责制，每个年级有一名专职辅导员负责年级的整体工作，每个小班配备一名兼职辅导员（由中青年教师担任）配合工作。完善了学院分团委，建立了三个本科生学生党支部、三个研究生学生党支部和成人教育学生党支部，年级建立班、团组织，同时还建立了学生会和研究生会，形成了学院学生工作的体制和网络。
    为了使学生管理工作有序进行，必须有一套有效的工作制度。为此，我们在执行学生工作部、处的制度基础上，结合工作实际又推出了一些学生管理工作制度，来规范我院的学生工作。这些制度有 学生工作月报制度、学生工作例会制度（包括学院辅导员例会、年级辅导员例会、分团委学生分会学生干部例会、学生党员例会）、学生干部中心组学习制度、学生政治学习制度、辅导员“三进”制度、学生周点名制度、学生工作建档与统计制度、学生请假制度、学生节假日离校登记、返校汇报制度、学生“三查”制度、经费支出审批制度等。为了保证学生的安全与稳定，还专门制定了处理学生突发事件预案，并成立了学院处理学生突发事件领导小组。这些制度的实行，收到了较好的效果。
    按照学校和教育部教学评估工作的要求，为了加强学生的日常管理和教育，制订了学生德育量化细则和奖励加分细则，为学生的综合测评和创优评先打好基础，将思想政治教育与具体的工作结合起来。结合教学评估的要求，强调档案工作的重要性，制定制度，分工负责，落实建档与登记工作，取得初步成效。
    在过去的两年里，基础医学院团委和学生会分别获得郑州大学先进团委和优秀学生会光荣称号。